預雜交
1）每個管中置換成大約300ulHYB－溶液，60℃水浴5分鐘，避免振蕩。
2）用等體積的HYB＋取代HYB－。
3）60℃水浴，預雜交4小時以上。
雜交
1）吸去預雜交的HYB＋，加上100ul已加入探針的HYB＋溶液（探針濃度約為1ng/ul）..
2）60℃ 溫浴過夜。
注：雜交與預雜交的溫度可以是55到60度不等，溫度越低，探針結合越好，溫度越高，背景越小。
熒光原位雜交（FISH）技術具有以下優點：
高特異性：熒光探針的合成是定向的，保證了雜交過程的特異性，可以有效地降低非特異性雜交和背景干擾。
高靈敏度：熒光信號的檢測比性信號的檢測更靈敏，可以檢測出低拷貝數的DNA序列，甚至可以檢測單個基因序列。
快速簡便：FISH技術操作簡便，雜交過程可以在數小時或數天內完成，而且不需要過于復雜的設備，便于在實驗室開展。
植物原位雜交在遺傳育種方面的應用主要包括：
異源染色質及多種染色體畸變檢測：通過遠緣雜交把有用遺傳物質基因的異源染色質漸滲到植物中。如帶有幾種抗病基因的黑麥1R染色體已被整合到許多高產的小麥品種中。原位雜交技術則是鑒定外源染色體(質)的有效手段。
基因組印記研究：基因組印記是指一個基因的兩條染色體上的DNA序列存在差異。通過植物原位雜交技術，可以檢測到基因組印記的存在和分布，從而幫助確定基因組的進化、遺傳和功能特征。
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