原位雜交技術（in situhybridization）是以標記的核酸分子為探針，在組織細胞原位檢測特異核酸分子的技術。使含有特異序列、經過標記的核酸單鏈即探針，在適宜條件下與組織細胞中的互補核酸單鏈即靶核酸發生雜交，再以自顯影或細胞化學方法對標記探針進行探測，從而在細胞原位顯示特異的DNA或RNA分子。
可以檢測cRNA、miRNA、LnRNA、DNA。可以各種種屬的標本，包括哺乳動物、爬行動物、菌、植物標本。也可以檢測組織芯片。
在ISHH，整個實驗周期是比較長的，實驗程序也比較繁雜，而雜交在ISHH整個實驗中可被認為是“短兵相接”的一步。雜交前的一切準備工作如增加組織通透性都是為了在雜交這一步驟中核酸探針能進入細胞或組織與其內的靶核苷酸相結合。因此，雜交是ISHH中關鍵的而且是重要的一個環節。雜交是將雜交液滴于切片組織上，加蓋硅化的蓋玻片，防止孵育過程中的高溫（50℃左右）導致雜交液的蒸發。為保證雜交所需的濕潤環境，可將其放在盛有少量5×SSC或2×SSC（standard saline citrate, SSC）溶液的硬塑料盒中進行孵育。雜交液的成分和預雜交液基本相同，所不同的是加入了標記的核酸探針和硫酸葡聚糖。
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