以菌落原位雜交為例：對分散在若干個瓊脂平板上的少數菌落（100-200）進行篩選時，可采用該方法。將這些菌落歸并到一個瓊脂主平板以及已置于第二個瓊脂平板表面的一張纖維素濾膜上。經培養一段時間后，對菌落進行原位裂解。主平板應貯存于4℃直至得到篩選結果。
將少數菌落轉移到纖維素濾膜上
（1） 在含有選擇性的瓊脂平板上放一張纖維素濾膜。
（2） 用無菌牙簽將各個菌落先轉移至濾膜上，再轉移至含有選擇性但未放濾膜的瓊脂主平板上。應按一定的格子進行劃線接種（或打點）。每菌落應分別劃線于兩個平板的相同位置上。后，在濾膜和主平板上同時劃一個含有非重組質粒的菌落。
（3） 倒置平板，于37℃培養至劃線的細菌菌落生長到0.5-1.0mm的寬度。
（4） 用已裝防水黑色繪圖墨水的針頭穿透濾膜直至瓊脂，在3個以上的不對稱位置作標記。在主平板大致相同的位置上也作上標記。
（5） 用Parafilm膜封好主平板，倒置貯放于4℃，直至獲得雜交反應的結果。
（6） 裂解細菌，按本段下面所述方法，使釋放的DNA結合于纖維素濾膜。
FISH技術的基本步驟包括探針制備、樣品預處理、探針與樣品的雜交、信號檢測和圖像分析等。在探針制備過程中，使用熒光標記物代替同位素標記物來標記探針。在樣品預處理過程中，細胞或組織的固定、裂解和去除非特異性蛋白質等操作都是必要的，以提高探針與目標序列的親和力和特異性。在探針與樣品的雜交過程中，探針與樣品中的目標序列進行互補性雜交，形成可檢測的熒光信號。在信號檢測和圖像分析過程中，使用高靈敏度熒光顯微鏡檢測熒光信號并獲取高分辨率的細胞圖像。
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