DNA 探針為原位雜交提供較高的靈敏度。與RNA探針相比，DNA探針與靶mRNA 分子的雜交強度較弱，因此在雜交后的洗滌中不應使用甲醛。
探針特異性至關重要。如果已知細胞中mRNA或DNA的確切核苷酸序列，則可據此設計高度的互補探針。如果超過 5% 的堿基對不互補，那么探針只能與靶序列發生輕度雜交。這意味著，探針更容易在洗滌和檢測步驟中被洗去，可能無法正確檢測。
怎樣保證原位雜交實驗操作時的溫度?
建議儀器操作，人工操作的話要注意：
（1）對熒光原位雜交操作過程中可能使用的一些儀器進行溫控檢查，不符合要求的進行更換。
（2）盡可能地保持環境溫度在20度以上。
（3）針對需要預熱以達到要求溫度的試劑，在使用前必須使用溫度計對其進行測溫。
（4）同時檢測的樣本不超過4塊，操作一定要迅速，實驗人員要注意一些小部件的溫度，尤其是在冬季。
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