亞細(xì)胞定位操作步驟
1、通過一些在線網(wǎng)站預(yù)測亞細(xì)胞定位
2、亞細(xì)胞定位載體構(gòu)建
(1)引物設(shè)計(jì):利用引物設(shè)計(jì)軟件,根據(jù)pEGP-MCS-N1或pEGP-C1-MCS的酶切位點(diǎn)設(shè)計(jì)目的基因引物。
(2)載體構(gòu)建:將PCR產(chǎn)物酶切后插入pEGP-MCS-N1或pEF-C1-MCS,得到表達(dá)目的基因與EGP融合蛋白質(zhì)的真核表達(dá)載體。
3、細(xì)胞轉(zhuǎn)染
當(dāng)細(xì)胞生長到對數(shù)生長期時(shí),接種到共聚焦顯微鏡的玻璃底培養(yǎng)皿(35mm petri dish,10 mm Microwell)中,培養(yǎng)過夜。當(dāng)細(xì)胞貼壁率達(dá)到30%~50%時(shí),將融合綠色熒光蛋白GFP的重組載體質(zhì)粒和目標(biāo)細(xì)胞器質(zhì)粒共轉(zhuǎn)染細(xì)胞。37℃孵箱培養(yǎng)24~72h。
4、激光掃描共聚焦顯微鏡觀察
將上述細(xì)胞分別在24、36、48、72h的時(shí)間點(diǎn),根據(jù)實(shí)驗(yàn)需求選擇對應(yīng)激發(fā)波長(常用405nm、488nm和561nm),使用共聚焦顯微鏡觀察,采取圖像。
為什么不先對基因做預(yù)測,在預(yù)測的結(jié)果上直接做共定位?
不同的預(yù)測網(wǎng)站有不同的計(jì)算方法,同一個(gè)基因在不同的預(yù)測網(wǎng)站也可能得出不同的定位結(jié)果。另外所有的結(jié)果都應(yīng)是基于實(shí)驗(yàn)得到的,對于不清楚可能定位在哪里的基因,一般推薦先做普通定位,根據(jù)普通定位的結(jié)果再決定做哪種細(xì)胞器的共定位。
適用于什么實(shí)驗(yàn)場景?
(1)基因功能研究,文章里總少不了這一項(xiàng)。
(2)研究蛋白相互作用,與酵母雙雜實(shí)驗(yàn)結(jié)果相互驗(yàn)證。
啟動子篩選:尋找基因表達(dá)的關(guān)鍵調(diào)控元件
基因表達(dá)的調(diào)控是一個(gè)復(fù)雜的過程,其中關(guān)鍵的環(huán)節(jié)之一就是轉(zhuǎn)錄的啟動子。轉(zhuǎn)錄是生物體內(nèi)基因表達(dá)的重要步驟,而轉(zhuǎn)錄的啟動子則是這一過程的關(guān)鍵調(diào)控元件。因此,啟動子的篩選對于理解基因表達(dá)的調(diào)控機(jī)制以及疾病的等方面都具有重要的意義。
啟動子的篩選通常是通過生物信息學(xué)的方法進(jìn)行的。首先,通過基因組測序和生物信息學(xué)分析,可以確定基因的啟動子區(qū)域,這一區(qū)域通常位于基因編碼區(qū)的上游。然后,通過各種預(yù)測算法,可以分析啟動子區(qū)域內(nèi)的DNA序列,以確定是否存在轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(diǎn)。這些轉(zhuǎn)錄因子通常是蛋白質(zhì),它們可以與DNA序列結(jié)合,從而影響轉(zhuǎn)錄的效率和程度。