為什么不先對一個基因做預測，在預測的結果上直接做共定位？
不同的預測網站有不同的計算方法，同一個基因在不同的預測網站也可能得出不同的定位結果。另外所有的結果都應是基于實驗得到的，對于不清楚可能定位在哪里的基因，一般推薦先做普通定位，根據普通定位的結果再決定做哪種細胞器的共定位。
為什么有的基因做原生質體轉化時熒光蛋白不亮？
不同物種的細胞可能對基因表達有影響，當在一種材料的原生質體中觀察不到熒光時，可以考慮換一種受體材料。另外，如果是分泌蛋白，在原生質體中無法觀察到熒光，此時可以考慮注射葉片來觀察熒光。
拍攝時為什么有明場通道？
（1）顯示細胞狀態，有活力的原生質體細胞應該是飽滿圓潤的，變形或破碎的細胞說明此時細胞不是適狀態或細胞已。
（2）顯示熒光確實是細胞內蛋白表達的，而不是細胞碎片及雜質產生的雜光。
亞細胞結構分離定位法
通過離心等技術分離各亞細胞結構，然后從分離物種進一步提取蛋白質，對目標蛋白質進行分析或檢測，從而獲得目標蛋白的定位。本方法適合研究某蛋白質組級別的細胞器定位，通常與雙向凝膠電泳分離和質譜技術相結合。
生物信息學預測
通過生物信息學手段，借助一些在線工具對蛋白的亞細胞定位信息進行預測，這種方法可以在短時間獲得大量蛋白的預測信息，不僅輔助于實驗，還能省時省力節約成本。
亞細胞定位是指在細胞內定位蛋白質、基因或其它分子元件的過程。通過亞細胞定位，可以了解這些物質在細胞中的具體位置、作用和相互關系。在植物細胞中，亞細胞結構包括細胞核、線粒體、葉綠體、質膜、細胞壁等。通過對洋蔥細胞的亞細胞定位，可以揭示洋蔥中生物活性物質在各個亞細胞結構中的分布情況。
洋蔥的亞細胞定位通常采用熒光技術或綠色熒光蛋白標記技術。熒光技術是一種基于抗原-反應的定位技術，通過標記特異性，將目標物質與熒光標記結合，從而對其進行定位。綠色熒光蛋白標記技術則是一種將目標基因與綠色熒光蛋白基因融合，通過觀察綠色熒光蛋白的表達情況來定位目標基因的技術。
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