預雜交
1）每個管中置換成大約300ulHYB－溶液，60℃水浴5分鐘，避免振蕩。
2）用等體積的HYB＋取代HYB－。
3）60℃水浴，預雜交4小時以上。
雜交
1）吸去預雜交的HYB＋，加上100ul已加入探針的HYB＋溶液（探針濃度約為1ng/ul）..
2）60℃ 溫浴過夜。
注：雜交與預雜交的溫度可以是55到60度不等，溫度越低，探針結合越好，溫度越高，背景越小。
植物原位雜交在遺傳育種方面的應用主要包括：
檢測物種或品種特異性：通過植物原位雜交技術可以檢測出不同物種或品種之間基因表達的差異，從而為物種或品種特異性研究提供依據。
遺傳育種：通過植物原位雜交技術可以檢測到不同品種之間基因表達的差異，從而為遺傳育種提供重要的參考信息。例如，通過將特定的外源基因導入到植物細胞中，然后利用原位雜交技術檢測該基因在植物細胞中的位置和表達情況，為遺傳育種提供重要的參考信息。
植物原位雜交除了在遺傳育種方面的應用，還在其他領域有著廣泛的應用，包括：
植物基因研究：植物基因是一種利用基因工程技術來人類遺傳疾病的方法。通過植物原位雜交技術，可以將人類基因導入到植物細胞中，并在植物細胞中表達出相應的蛋白質，為基因提供重要的物質基礎。
植物抗性研究：植物原位雜交技術可以用于研究植物對環境脅迫的抗性機制，例如抗旱、抗鹽、抗病等，有助于了解植物在環境脅迫下的生理和分子響應機制。
植物比較研究：通過植物原位雜交技術可以比較不同植物之間基因表達模式的差異，從而為植物分類和進化研究提供重要的參考依據。
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