為什么不先對一個基因做預測，在預測的結果上直接做共定位？
不同的預測網站有不同的計算方法，同一個基因在不同的預測網站也可能得出不同的定位結果。另外所有的結果都應是基于實驗得到的，對于不清楚可能定位在哪里的基因，一般推薦先做普通定位，根據普通定位的結果再決定做哪種細胞器的共定位。
為什么有的基因做原生質體轉化時熒光蛋白不亮？
不同物種的細胞可能對基因表達有影響，當在一種材料的原生質體中觀察不到熒光時，可以考慮換一種受體材料。另外，如果是分泌蛋白，在原生質體中無法觀察到熒光，此時可以考慮注射葉片來觀察熒光。
拍攝時為什么有明場通道？
（1）顯示細胞狀態，有活力的原生質體細胞應該是飽滿圓潤的，變形或破碎的細胞說明此時細胞不是適狀態或細胞已。
（2）顯示熒光確實是細胞內蛋白表達的，而不是細胞碎片及雜質產生的雜光。
1. 葉綠體
葉綠體是植物細胞中重要的細胞器之一，它們負責進行光合作用，將光能轉化為化學能。為了定位葉綠體，我們可以使用一種名為熒光素的化合物來標記它們。熒光素可以被葉綠體中的葉綠素吸收，從而發出綠色熒光。在洋蔥細胞中，葉綠體通常位于細胞的邊緣或周圍。
2. 線粒體
線粒體是細胞中的另一個重要細胞器，它們負責產生細胞所需的能量。為了定位線粒體，我們可以使用一種名為MitoTracker的化合物來標記它們。MitoTracker可以穿過細胞膜并進入線粒體，從而發出紅色熒光。在洋蔥細胞中，線粒體通常位于細胞的中央或周圍。
亞細胞結構分離定位法
通過離心等技術分離各亞細胞結構，然后從分離物種進一步提取蛋白質，對目標蛋白質進行分析或檢測，從而獲得目標蛋白的定位。本方法適合研究某蛋白質組級別的細胞器定位，通常與雙向凝膠電泳分離和質譜技術相結合。
生物信息學預測
通過生物信息學手段，借助一些在線工具對蛋白的亞細胞定位信息進行預測，這種方法可以在短時間獲得大量蛋白的預測信息，不僅輔助于實驗，還能省時省力節約成本。
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