以菌落原位雜交為例：對分散在若干個瓊脂平板上的少數菌落（100-200）進行篩選時，可采用該方法。將這些菌落歸并到一個瓊脂主平板以及已置于第二個瓊脂平板表面的一張纖維素濾膜上。經培養一段時間后，對菌落進行原位裂解。主平板應貯存于4℃直至得到篩選結果。
將少數菌落轉移到纖維素濾膜上
（1） 在含有選擇性的瓊脂平板上放一張纖維素濾膜。
（2） 用無菌牙簽將各個菌落先轉移至濾膜上，再轉移至含有選擇性但未放濾膜的瓊脂主平板上。應按一定的格子進行劃線接種（或打點）。每菌落應分別劃線于兩個平板的相同位置上。后，在濾膜和主平板上同時劃一個含有非重組質粒的菌落。
（3） 倒置平板，于37℃培養至劃線的細菌菌落生長到0.5-1.0mm的寬度。
（4） 用已裝防水黑色繪圖墨水的針頭穿透濾膜直至瓊脂，在3個以上的不對稱位置作標記。在主平板大致相同的位置上也作上標記。
（5） 用Parafilm膜封好主平板，倒置貯放于4℃，直至獲得雜交反應的結果。
（6） 裂解細菌，按本段下面所述方法，使釋放的DNA結合于纖維素濾膜。
植物原位雜交除了在遺傳育種方面的應用，還在其他領域有著廣泛的應用，包括：
植物基因表達模式研究：通過植物原位雜交技術可以檢測特定基因在不同組織或不同生長條件下的表達模式，有助于了解基因的功能和作用機制。
植物基因組研究：植物原位雜交技術可以用于基因組研究，例如染色體構象、基因組變異和基因組進化等方面，有助于深入了解植物基因組的特征和結構。
植物原位雜交除了在遺傳育種方面的應用，還在其他領域有著廣泛的應用，包括：
植物基因研究：植物基因是一種利用基因工程技術來人類遺傳疾病的方法。通過植物原位雜交技術，可以將人類基因導入到植物細胞中，并在植物細胞中表達出相應的蛋白質，為基因提供重要的物質基礎。
植物抗性研究：植物原位雜交技術可以用于研究植物對環境脅迫的抗性機制，例如抗旱、抗鹽、抗病等，有助于了解植物在環境脅迫下的生理和分子響應機制。
植物比較研究：通過植物原位雜交技術可以比較不同植物之間基因表達模式的差異，從而為植物分類和進化研究提供重要的參考依據。
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