以菌落原位雜交為例：對分散在若干個瓊脂平板上的少數菌落（100-200）進行篩選時，可采用該方法。將這些菌落歸并到一個瓊脂主平板以及已置于第二個瓊脂平板表面的一張纖維素濾膜上。經培養一段時間后，對菌落進行原位裂解。主平板應貯存于4℃直至得到篩選結果。
將少數菌落轉移到纖維素濾膜上
（1） 在含有選擇性的瓊脂平板上放一張纖維素濾膜。
（2） 用無菌牙簽將各個菌落先轉移至濾膜上，再轉移至含有選擇性但未放濾膜的瓊脂主平板上。應按一定的格子進行劃線接種（或打點）。每菌落應分別劃線于兩個平板的相同位置上。后，在濾膜和主平板上同時劃一個含有非重組質粒的菌落。
（3） 倒置平板，于37℃培養至劃線的細菌菌落生長到0.5-1.0mm的寬度。
（4） 用已裝防水黑色繪圖墨水的針頭穿透濾膜直至瓊脂，在3個以上的不對稱位置作標記。在主平板大致相同的位置上也作上標記。
（5） 用Parafilm膜封好主平板，倒置貯放于4℃，直至獲得雜交反應的結果。
（6） 裂解細菌，按本段下面所述方法，使釋放的DNA結合于纖維素濾膜。
原位雜交技術可以應用于以下場景：
組織中病毒DNA/RNA的檢測和定位。例如，可以用于檢測EB病毒mRNA、人類狀瘤病毒和巨細胞病毒DNA等。
癌基因、抑癌基因及其他各種功能基因在轉錄水平的表達及其變化的檢測。
檢測染色體的變化，如染色體數量異常和染色體易位等。
在植物基因組研究中的應用。例如，通過與特定基因序列的探針進行雜交，可以在植物染色體上定位到目標基因的位置，進而構建遺傳圖譜，為植物育種和基因組研究提供基礎數據。
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